Tên gọi chuột xạ hương hầu như chắc chắn đi kèm từ nguyên dân gian dựa vào một từ ngữ có nguồn gốc trong tiếng Algonquin, muscascus (nghĩa đen "có màu đỏ", do đó được gọi theo màu sắc lông), hoặc dựa theo từ ngữ bản địa Abenaki mòskwas, xuất hiện trong tên gọi tiếng Anh cổ xưa dành cho con vật, musquash. Do kết hợp mùi "xạ hương", chuột xạ hương sử dụng để đánh dấu lãnh thổ cùng chiếc đuôi dẹt khiến tên gọi biến chuyển thành hải ly xạ hương;[3] về sau tên gọi biến thành chuột xạ hương do tương đồng loài chuột.[4][5][6]

Tương tự, danh pháp loài zibethicus có nghĩa ‘thơm mùi xạ’, là tính từ của [zibethus] lỗi: {{lang}}: văn bản có thẻ đánh dấu in xiên (trợ giúp) ‘xạ cầy hương; cầy hương’.[7][8] Danh pháp chi bắt nguồn từ tiếng Huron dành cho con vật, ondathra,[9] và ghi vào tân ngữ Latin thành Ondatra thông qua tiếng Pháp.[10]